おもいっきり環境依存の話だと思いますが、私のPCではFLASH5.5によるオーサリング時にマウスホイールで編集画面を上スクロールをしようとすると一画面分くらいすっ飛ばされてスクロールしてしまうのです。Windows7 64bit, FLASH5.5, Microsoft Comfort Optical Mouse3000という環境で、Microsoftのドライバもインストールしたような、WindowsUpdateで勝手にインストールされたような気がします。
解決方法は、コントロールパネル→マウス→上部タブのホイール→垂直スクロールのところの「スクロールが正しく機能しないプログラムを特定…」をクリックして、FLASH5.5を選択します。
[追記]
いつのまにか、上記の項目が無くなっていました。おそらくMicrosoft マウスキーボードセンターという設定ソフトに変わったからだと思います。
コントロールパネル→マウス→上部タブのマウスキーボードセンターを選択→「Microsoftマウスの設定を変更をするには、ここをクリックします」をクリック→Microsoft マウスキーボードセンターが起動するので、中央の「ホイール」の文字をクリック→1項目のちょっと下にある「スクロールが正しく機能しないプログラムを特定…」（青い文字）をクリックして、FLASH5.5.を選択です。